Paralelet
Përveç shkollës qendrore në Kondovë, Medreseja "Isa Beu" vepron me katër paralele të shtrira: tri për vajza, në Shkup, Tetovë dhe Gostivar, dhe një për djem në Shtip. Kështu shkolla mbulon të gjithë territorin e Republikës së Maqedonisë së Veriut.
Qendër — Kondovë
Djem- Që nga 1984/85
- 183 nxënës
- 8 klasa
- 27 profesorë
- Me konvikt · 214 vende
Në shkollën qendrore mësimi zhvillohet vetëm për djem. Nxënësit janë të vendosur në konvikt, me kapacitet prej 214 vendesh.
Mësimin e ndjekin 183 nxënës nga të gjitha trojet e Maqedonisë dhe nga jashtë, në katër vite me tetë klasa. Plan-programi mësimor realizohet përmes 27 profesorëve, duke përfshirë edhe drejtorin, zëvendësdrejtorin, sekretarin dhe bibliotekistin. Në vitin shkollor 2012/13 medreseja nxori gjeneratën e 26-të.
Shkup
Vajza- Që nga 2006/07
- 190 nxënëse
- Objekti i Kapan-Anit
Me vendim të Bashkësisë Fetare Islame, në vitin shkollor 2006/07 hapet paralelja e vajzave me mësim të rregullt në Shkup. Për shkak të mungesës së hapësirës në objekt, edhe pse interesimi për regjistrim ishte i madh, fillimisht pranohej vetëm një klasë për çdo vit shkollor.
Nga viti shkollor 2009/10, duke parë interesimin e madh të kandidateve, Bashkësia Fetare Islame filloi të pranojë nga dy klasa në vitin e parë. Kështu numri i përgjithshëm në katër vitet arriti në 190 nxënëse. Procesi edukativo-arsimor zhvillohet në objektin e Kapan-Anit, dhe pritet që në të ardhmen edhe kjo paralele, sikurse ajo në Tetovë, të pajiset me një objekt të ri. Në vitin shkollor 2012/13 paralelja nxori gjeneratën e katërt të maturanteve.
Tetovë
Vajza- Që nga 2004/05
- 176 nxënëse
- Objekt i ri që nga 2009
Edukimi i vajzave zë një vend të rëndësishëm në Medresenë "Isa Beu". Që në fillim ato ishin të përfshira si nxënëse me korrespondencë, ndërsa me krijimin e kushteve Bashkësia Fetare Islame e realizoi këtë nismë edhe në praktikë: në vitin shkollor 2004/05 hapet paralelja e vajzave me mësim të rregullt në Tetovë.
Gjenerata e parë diplomoi në vitin shkollor 2007/08, ndërsa në 2012/13 paralelja nxori gjeneratën e gjashtë. Numri i përgjithshëm i vajzave që shkollohen me mësim të rregullt këtu arrin në 176 nxënëse.
Në vitin shkollor 2007/08 u vu gurthemeli për ndërtimin e objektit të ri, pasi objekti i mëparshëm nuk i plotësonte kushtet për një proces edukativo-arsimor të mirëfilltë. Nxënëset e nisën vitin shkollor 2009/10 në objektin e ri, hapja solemne e të cilit u bë më 31 tetor 2009.
Gostivar
Vajza- Që nga 2008/09
- 132 nxënëse
- Filloi me 20 nxënëse
Në vitin shkollor 2008/09 Bashkësia Fetare Islame hapi paralelen e tretë me radhë për vajza, në Gostivar. Për fillim u pranua vetëm një klasë me 20 nxënëse.
Nga viti shkollor 2009/10 e këndej u pranuan nga dy klasa, dhe numri i përgjithshëm i nxënëseve që shkollohen në këtë paralele arriti në 132. Në vitin shkollor 2012/13 paralelja nxori gjeneratën e dytë të maturanteve.
Shtip
Djem- Që nga 2005/06
- 57 nxënës
- Mësimi në turqisht dhe maqedonisht
- Me konvikt
Duke pasur parasysh ngritjen e vlerave fetare islame të myslimanëve të Maqedonisë Lindore, si dhe mungesën e kuadrove në këtë anë, Bashkësia Fetare Islame vendosi të hapë edhe në këtë rajon një paralele për djem. Mësimi i rregullt filloi në vitin shkollor 2005/06.
Numri i përgjithshëm i nxënësve që shkollohen në këtë paralele arrin në 57. Për dallim nga paralelet e tjera, mësimi zhvillohet në gjuhën turke dhe maqedone. Paralelja është e tipit me konvikt. Në vitin shkollor 2012/13 këtu diplomoi gjenerata e pestë.
Të dhënat për numrin e nxënësve dhe gjeneratat i referohen vitit shkollor 2012/13.