Planprogrami mësimor i SHMI Medreseja “Isa Beu” është unik për të gjitha paralelet. Sipas Plan-programit për katër vite nxënësit mësojnë gjithsej 30 lëndë. Plan-programi për lëndët fetare është i miratuar nga Riaseti i BFI, me propozim të këshillit edukativo arsimor.
Planprogrami rishqyrtohet tërësisht në çdo katër vite, kurse analizat i bëhen për çdo vit. Gjuha Shqipe, Maqedone dhe gjuha Turke në Medrese kanë statusin e gjuhës amtare, kurse gjuha arabe ka statusin e gjuhës profesionale, e gjuha angleze mësohet si gjuhë e huaj. Sa i përket lëndëve të cilat janë shoqërore, planprogrami zhvillohet në bazë të planprogramit për shkolla të mesme të miratuar nga Ministria e arsimit në RM. Lëndët të cilat mësohen në Medrese janë:
